Cơ cấu tổ chức của Vụ Tổ chức cán bộ thuộc Bộ Y tế được Quy định tại Quyết định số 3466/QĐ-BYT ngày 16 tháng 09 năm 2013.
1. Lãnh đạo Vụ
Vụ trưởng và các Phó Vụ trưởng do Bộ trưởng Bộ Y tế bổ nhiệm và miễn nhiệm. Vụ trưởng chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Y tế và trước pháp luật về mọi hoạt động của Vụ. Các Phó Vụ trưởng giúp việc Vụ trưởng và chịu trách nhiệm trước Vụ trưởng và trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công.
2. Biên chế
Biên chế của Vụ Tổ chức cán bộ được xác định theo quy định của pháp luật về vị trí việc làm và được điều chỉnh hằng năm theo nhu cầu vị trí việc làm do Bộ trưởng quyết định và theo đề xuất của Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ.
3. Cơ chế hoạt động
Vụ Tổ chức cán bộ hoạt động theo chế độ chuyên viên. Các công chức trong Vụ Tổ chức cán bộ chịu trách nhiệm trước Lãnh đạo Vụ Tổ chức cán bộ về nhiệm vụ được phân công.